נילס הולגרסון הוא נער שובב, עצלן וחסר כל התחשבות בזולת אשר חי בחווה בשבדיה. הוא נוהג להתאכזר לחיות בחווה בזמנו הפנוי, עד שיום אחד הוא לוכד שדון. השדון הכועס מחליט להעניש את נילס על מעלליו, ועל כן הוא מכווץ אותו לגודל של ננס. בתור ננס נילס מסוגל כעת לדבר ולהבין את בעלי החיים. נילס ואוגר המחמד שלו מצטרפים לאווז הבית מולי במסעו עם אווזי הבר, המונהגים על ידי המפקדת אקה, לאזור הצפוני של שבדיה, שם השמש אינה שוקעת. ביחד הם טסים לאורך שבדיה כאשר נילס מקווה כי יצליח למצוא את הדרך לבטל את הכישוף.